在金耳制种和栽培过程中，经常会遇到病虫害侵扰，轻者造成减产，重者收获全无。生产过程中病虫害的侵入，会影响金耳的生长发有，造成减产。病虫一旦大量繁殖，就会造成难以挽回的损失，因此生产中要以预防为主。
1.常见病害
金耳栽培中危害较严重的真菌病害，主要有青霉、木霉、链孢霉等，其中木霉（青霉）尤为严重。出耳管理管理过程中，湿度过大，通风不畅，子实体表面或采收后耳基长期积水时，极易发生。同时在子实体成熟过渡，为及时采收，子实体组织老化部位也极易被侵染。
防治措施：菇房使用前要严格杀菌消毒。出耳管理要合理控制湿度和加强通风，避免长时间湿度过大，缺氧的环境，加湿后要结合通风，使积在子实体表面水分及时挥发，不长时间积在表面。适时采收，不让子实体过熟老化。发现有绿霉（木霉）感染菌棒及时清除，避免交叉感染。
青霉（木霉）感染
2.常见虫害
金耳常见虫害有：跳虫、线虫、蛞蝓和螨类、菇蚊等。可直接咬食菌丝体或子实体，使菌丝体不能正常生长发育，甚至死亡，还随身携带和传播各种病菌，成为传播病菌的媒介。
防治措施：菌种培养室和耳房棚要设置在环境清洁、空气新鲜、通风良好、水源干净、无鼠害的地方，远离垃圾堆、粪堆、粪塘、厕所、牲畜舍和禽舍；出菇场撒生石灰粉或用来苏儿溶液消毒杀菌。用防虫网、防蚊纱窗、纱门、黄板、诱虫灯等，进行阻隔、诱杀菇蚊。
