1.竞争性真菌病害
在花脸香蘑菌种培养、萌发、定植等阶段会受到青霉、木霉、链孢霉等病菌侵染或鬼伞等杂菌感染，病菌阻碍花脸香蘑菌丝生长发育，影响后续子实体形成和发育，导致减产或绝收，高温高湿环境更易发生。
鬼伞
防治措施：培养基灭菌要充分，接种一定要严格按照无菌操作进行，菌种培养和播种过程中，避免培养室和出菇房出现高温高湿、缺氧的情况，温度最高不超过28℃，湿度应控制在70%以下，污染严重菌包应及时清除，清理出的污染料和菌包应及时烧掉或深埋。
2.虫害
花脸香蘑生产过程，其菌丝体、幼蕾和子实体容易遭受菇蝇、烟灰虫、蛞蝓等啃食。
防治措施：栽培场地、菇棚菇房远离鸡舍、牛棚和粮食的场所，以减少成虫隐藏场所，当年已经重复多次种过其它菇类的出菇棚，病虫害一般也较多，不建议使用；菇房、菇棚的门窗提前安装黄板、杀虫灯、纱网等，以防菇蝇等飞入。培养料充分发酵蒸熟，杀死虫卵，并在下料前几天对栽培场所喷洒石灰或高效低毒农药（多菌灵、敌百虫、辛硫磷等）来防治。
