病虫害是影响茶树菇产品质量的关键因素。由于茶树菇菌丝体和子实体具有浓郁的香味，所以，病虫害的防治在茶树菇栽培中显得极为重要。茶树菇病虫害及防治如下：
1.病害
茶树菇菌丝培养及出菇期间易被木霉、曲霉、青霉、毛霉、链孢霉等杂菌污染，其中以链孢霉最为严重。若发生链孢霉污染，应及时清理料袋，避免扩散污染其它料袋。茶树菇子实体的病害主要包括：细菌性腐烂病、拟青霉引起的基腐病、葡枝霉引起的软腐病。
细菌性腐烂病：病原为假单胞菌。感染时，子实体呈水渍状腐烂，病斑褐色，有恶臭味，有黏液；菌柄和菌盖可同时发病，发病时菌柄变黑。在高温高湿的情况下，病原通过水、工具、害虫或工作人员等媒介，从子实体的机械伤口或害虫咬食伤口侵入和传播，并导致腐烂。
基腐病：病原为瓶梗青霉。感染时，子实体的菌柄基部变成深褐色，最后变黑色并腐烂，导致子实体倒伏。培养料含水量过大、菌袋表面积水、菇房空气相对湿度长时间大于95%或者通风透气不良都会导致基腐病发生。
软腐病：病原为葡枝霉。感染时，子实体的菌柄基部先出现黑褐色水渍状斑点，后来病斑逐渐扩大，基部变软、萎蔫、腐烂。湿度较大时，病斑上会长出白色絮球状菌丝团。在茶树菇栽培后期，如果气温经常过大，加上湿度过大，就容易发生软腐病。
黏菌：通过空气传播，主要危害茶树菇子实体。一旦发现，立即清除。
青霉
黏菌
2.虫害
茶树菇害虫主要有包括：螨虫、蕈蚊和菌蛆等。螨虫主要危害茶树菇的菌丝，培养料变黑腐烂，主要是由带螨的原料或废弃物引起；菌蚊和菌蛆的幼虫主要取食菌丝、培养料和蛀食子实体，是由茶树菇浓郁的香味引入菇房外的成虫大量繁殖造成，从而导致茶树菇减产，严重时导致绝收。
菌蛆啃食菌丝
3.病虫害综合防治方针
茶树菇栽培的病虫害防治应该遵守“预防为主，综合防治”的防治原则，物理防治为主，化学防治为辅。
综合防治措施：选用新鲜、无结块、无霉变、无虫蛀、无异味的原辅料；使用抗病力强、无污染、菌龄适宜的菌种；菌袋灭菌要彻底，接种时严格按照无菌操作要求，保持接种空间的洁净无菌；培养室要清洁、干净，使用前进行一次消毒处理，发菌期间，要及时清理污染菌袋；在通风口及进出口处安装防虫网，避免成虫进入，栽培前对菇房进行充分消毒，保持室内洁净、干燥、避光、通风；使用洁净的水源，出菇时，菇房空气相对湿度不可长时间大于95%，防止菌袋表面积水；出菇期间发生虫害，可利用某些成虫的趋光性，在出菇棚室内悬挂灭蚊灯进行诱杀；采收时要及时摘除病菇、死菇和清除地面上的碎菇残片，避免菇体腐烂后引诱成虫取食产卵繁殖。
